Родился 2 октября 1882 года в городе Златоусте в семье служащего. Учился в Красноуфимском промышленном училище, а затем окончил Пермское училище. Полученное образование дало ему право на поступление в одно из высших учебных заведений, и он, выбрав карьеру военного, в 1901 году поступает в московское Алексеевское военное училище. Это училище Шапошников окончил в 1903 году по первому разряду и, получив офицерский чин, был направлен для прохождения службы в 1-й Туркестанский пехотный полк. В 1907 году Шапошников был зачислен в Николаевскую академию Генерального штаба, окончив которую в 1910 году, “за отличные успехи в науках” был произведен в штабс-капитаны. До Первой Мировой войны Борис Шапошников служил в Варшавском военном округе и начало войны встретил на должности адъютанта штаба 14-й кавалерийской дивизии. Во время войны Борис Михайлович проявил не только личную храбрость, но и показал себя хорошим специалистом в вопросах тактики, что дало ему возможность быстро продвигаться по службе, и в 1917 году он уже был произведен в полковники. В сентябре Шапошников стал командиром полка, а в ноябре 1917 года был избран начальником дивизии.
В марте 1918 года он демобилизовался по состоянию здоровья, но уже в марте вступил добровольцем в ряды Красной Армии. Он получил назначение на должность помощника начальника Оперативного управления Высшего военного совета. В годы гражданской войны Шапошников занимал должности начальника разведывательного отдела Полевого штаба Реввоенсовета республики. Он участвовал в разработке планов ряда наступательных операций в 1919-1920 годах на Юго-Западном и Западном фронтах, в Крыму и обеспечивал их выполнение.
В 1921 году он назначается первым помощником начальника штаба РККА и в том же году награждается орденом Красного Знамени. На этом посту Шапошников находился до 1925 года. В качестве военного эксперта он принимал участие в работе Лозаннской конференции, открывшейся в ноябре 1922 года.
В 1924-1925 годах Борис Михайлович активно участвовал в проведении военной реформы, став ближайшем помощником М.В.Фрунзе, на которого была возложена разработка программы реформы и планом ее осуществления.
В мае 1925 года Шапошников назначаться заместителем, а вскоре и командующим войсками Ленинградского, а затем Московского военных округов. В это время он начал работу над капитальным трудом “Мозг армии”, посвященным обобщению опыта деятельности генеральных штабов разны стран при подготовке и в ходе Первой Мировой войны. В этом труде он также остановился на проблемах и возможном характере будущей войны, определил место Генерального штаба в системе государственного и военного управления.
В 1928 году Шапошников назначаться начальником штаба РККА. На этом посту его деятельность была направлена на улучшение структуры и содержания работы высшего военного управления. Он много сделал для решения вопросов по руководству боевой и оперативной подготовкой войск и штабов.
В октябре 1930 года Шапошников был принят в ряды ВКП(б) без прохождения кандидатского стажа.
В апреле 1931 года он назначаться на должность командующего войсками Приволжского военного округа.
С апреля 1932 года до октября 1935 года он являлся начальником и военным комиссаром Военной академии им М.В.Фрунзе. Шапошников был также и профессором этой академии.
В 1935 году Борис Михайлович Шапошников получил звание командарма 1-ого ранга и в том же году вновь возглавил войска Ленинградского военного округа.
В мае 1937 года он стал начальником Генерального штаба РККА.
В августе 1940 года Шапошников было присвоено звание Маршала Советского Союза, и он был назначен заместителем наркома обороны. На этом посту он прилагал максимум усилий по выполнению программы строительства оборонительных укреплений, принятой на 1940-1941 годы.
С началом Великой Отечественной войны с июля 1941 года Шапошников был назначен начальником Главного командования войск Западного направления, но уже к концу месяца он снова переводиться на должность начальника Генерального штаба. При его прямом участии были разработаны планы и проведены Смоленского сражение, контрнаступление советских войск под Москвой, общее наступление войск зимой 1942 года. Напряженная работа ухудшила его здоровье, которое и раньше вызывало серьезное беспокойство.
В мае 1942 года Борис Михайлович обратился в ГКО с просьбой освободить его от должности начальника Генерального штаба и перевести на другую работу. Его просьба была удовлетворена, и он как заместитель наркома обороны стал руководить пересмотром старых и разработкой новых уставов Красной Армии с учетом опыта Великой Отечественной войны, и уже под его редакцией в 1943 году был издан трехтомный труд о битве под Московой.
В июне 1943 года Шапошников возглавии Академию Генерального штаба, оставаясь на этом посте до конца жизни. Скончался Борис Михайлович 26 марта 1945 года.
